“TOKYO MER”の活躍が高く評価され、全国の主要都市である札幌・仙台・名古屋・大阪・福岡に新たなMERが誕生。
その一方で沖縄・鹿児島では離島地域に対応できるMERの誘致活動が活発化。指導スタッフとしてTOKYO MERの喜多見チーフ（鈴木亮平）と看護師の夏梅（菜々緒）が派遣され、オペ室を搭載した中型車両＝NK1を乗せたフェリーで、離島での事故や災害に対応する“南海MER”の試験運用が開始されていた。

注目を集めた南海MERだったが、運用が始まってから半年間が経過しても、緊急出動の要請はゼロ…
まったく実績を作ることが出来ず、廃止が決定的な状況となっていた。

そんな中、鹿児島県・諏訪之瀬島で突如として火山が噴火！ 大規模医療事案として南海MERの初出動が決まる。

溶岩が村を焼き尽くし、多くの噴石が飛び交うすさまじい状況。
噴煙のため、ヘリコプターによる上空からの救助は不可能。
そして海上自衛隊や海上保安庁の到着も数十分後という絶望的な状況…
しかし南海MERは、島に取り残された79名すべての命を救うために、絶体絶命のミッションに挑む。