日本の歴史を陰で常に動かしてきた“忍者”。
栄華を誇った彼らだったが、戦後ＧＨＱによって組織を解体され消滅した。しかし、現代でも忍者は秘密裏に存在し、日常に潜み、世界中で暗躍している。その数は20万人とも言われる。ただ、末端の忍者は仕事にありつけないことも多く、「NIN」所属の下忍・雲隠九郎もその一人だった。ボロアパートで暇を持て余す暮らしをしていた九郎は、ある日、重大な“忍務”を言い渡される。それは戦後70年以上に渡り地下に潜り続けている、謎の組織を調べること。

組織の名は――「アンダーニンジャ」。通称「UN」。「UN」が潜んでいるという情報を得て、講談高校に学生として潜入する九郎。クラスメイトの野口彩花は高校生らしからぬ言動をする九郎を不審に思うも、何故か少し気になってしまう。そんな最中、「UN」によって、「NIN」の“精鋭”忍者たちが次々に襲われていく。「UN」の目的は一体何なのか？
そしてついに、講談高校での襲撃が始まる…！